Zum 31. August 1999 wurde das Franziskanerkloster aufgehoben. Damit endete die 70-jährige Geschichte der Franziskaner in St. Heinrich. P. Leonhard Donhauser stand der Pfarrei bis zum 31. August 2006 weiterhin als Pfarrer vor.
- Stefan Osberger, weltlicher Kaplan (September 1999 - August 2002)
- P. Dr. Cheriyan Menacherry CMI, Kaplan (September 1999 - August 2002)
- Dr. Andreas Hölscher, Pastoralreferent (1. September 2002 - 31. August 2004)
- Andreas Kraus, weltlicher Kaplan (15. September 2002 - 31. Januar 2003)
- P. Klemens August Droste O.Carm., Kaplan (1. Februar - 31. August 2003)
- Rudolf Brunner, Pastoralreferent (seit 1. September 2004)
- Dr. Krystian Kaluza, Priester zur seelsorglichen Mithilfe (September 2003 - August 2012)